1、吸入季铵盐对呼吸系统有中度刺激性，食入季铵盐会对嘴巴、喉咙及胃部造成灼热感。
2、季铵盐的毒性一般较胺低，但也有不少毒性较大，例如用作阳离子表面活性剂的氯化十二至十六烷基二甲基苄基铵，对于青蛙的口服半致死量为克/千克。
