1、科属区别：泥鳅属于脊索动物门、硬骨鱼纲、鲤形目鳅科泥鳅属；而蚯蚓属于环节动物门、寡毛纲、单向蚓目正蚓科正蚓属。
2、体型区别：泥鳅体形圆，身短，皮下有小鳞片，颜色青黑，浑身沾满了自身的粘液，因而滑腻无法握住；蚯蚓身体两侧对称，具有分节现象，没有骨骼，其体表覆盖一层有色素的薄角质层。除了身体前两节之外，其余各节具有刚毛。
3、胡须区别：泥鳅有胡须；蚯蚓则没有。
4、食物区别：泥鳅主要以小型动物以及植物为食；蚯蚓则以泥土中的有机废物为食。
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