1、提取不同。小麦淀粉是从小麦中提取淀粉。而玉米淀粉是从玉米中提取淀粉。
2、制作工序不同。小麦淀粉是采用发酵法，即将小麦加水浸软、磨碎后，进行加酸发酵，使包围在淀粉颗粒周围的细胞被溶解而淀粉易于分离。而玉米淀粉是将玉米用亚硫酸浸渍后，通过破碎、过筛、沉淀、干燥、磨细等工序而制成。
3、用途不同。小麦淀粉主要应用于食品做增稠剂、胶凝剂、黏结剂、或稳定剂等。而玉米淀粉广泛应用于食品、工业、医药等加工制造。另外玉米淀粉也在中国菜和法国菜里用作增稠剂。
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