1、花朵不同：扁竹根的花朵排列成总状聚伞花序，花朵颜色多为淡紫色或白色，颜色相对较浅，并且花瓣上面会具有黄色的斑点，花朵的直径约m左右，单个的花瓣为倒卵形或椭圆形，长约m左右。鸢尾的花朵颜色较深，为紫色的，并且花瓣上的颜色比较纯，上面也没有黄斑，直径大约m左右。
2、果实不同：扁竹根会结出椭圆形的蒴果，长度约为m左右，直径大约m左右。鸢尾结出的果子形状为长椭圆形或倒卵形，长度约为m，直径约为m左右。
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